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2019新型冠狀病毒資源庫發布

2020-01-22 北京基因組研究所
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  122日,國家基因組科學數據中心正式發布2019新型冠狀病毒資源庫。該庫整合了世界衛生組織(WHO)、中國疾病預防控制中心(CDC)、美國國家生物技術信息中心(NCBI)、全球流感序列數據庫(GISAID)等機構公開發布的冠狀病毒基因組序列數據、元信息、學術文獻、新聞動態、科普文章。同時,對不同冠狀病毒株的基因組序列做了變異分析與展示。

  2019新型冠狀病毒資源庫收錄了來源于NCBIGenBank數據庫和GISAID數據庫發布的2019新型冠狀病毒(2019-nCoV)病毒株的株名、采樣日期、采樣地點、樣本提供單位、數據遞交單位等元信息。通過該資源庫還可訪問到國家基因組科學數據中心基因組數據庫GWH從公共數據庫收錄的冠狀病毒科基因組和蛋白序列,用戶可基于Accession號、種名、屬名、采樣日期、采樣地點、宿主、分離源、發布日期等元信息篩選感興趣的冠狀病毒株,個性化選取序列進行下載以開展相關的科學研究。

  2019新型冠狀病毒資源庫將持續更新元信息與基因組序列數據,實時監控NCBIPubMed數據庫中發表的2019新型冠狀病毒和其他冠狀病毒的學術文獻、中新網與新華網發布的新聞,同步更新世界衛生組織與中國疾病預防控制中心發布的科普介紹,為用戶開展學術研究、掌握科研進展、了解新聞動態與科學知識提供資源與窗口。

  2019新型冠狀病毒資源庫基于不同參考基因組序列開展2019-nCoV病毒株基因組變異分析,并對結果進行了統計與可視化展示。通過對全基因組序列相似性比較和變異位點分析,獲取2019-nCoV病毒株之間、2019-nCoV病毒株與SARS冠狀病毒以及與類SARS冠狀病毒蝙蝠株之間的變異程度、變異區域、變異堿基的詳細信息。經數據分析,2019-nCoV2003年爆發的SARS病毒基因組序列相似度為80%,與20172月從國內的蝙蝠中采集到的Bat SARS-like coronavirus isolate bat-SL-CoVZC45基因組序列相似性最高,相似度為88%。對2019-nCoV病毒株的基因組變異分析為追溯病毒來源、追蹤病毒株變異路徑、防控新型冠狀病毒引發的疫情、治療病毒性肺炎提供重要的數據基礎與決策支持。

2019新型冠狀病毒基因組序列發布動態

GWH數據庫收錄的冠狀病毒科基因組序列信息

  2019新型冠狀病毒基因組變異分析:基因組變異分析的參考基因組為GenBank發布的2019新型冠狀病毒株基因組序列MN908947.3SARS-CovSARS 冠狀病毒,bat-SL-CoVZC45為類SARS冠狀病毒蝙蝠株,其余基因組序列來源于GISAID發布的2019新型冠狀病毒株。紅色豎線表示變異位點。

打印 責任編輯:葉瑞優

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